Ниже приводятся номер и название магистерской программы. Одна и та же программа может быть на нескольких базовых кафедрах.

• 010930 - Химическая физика
• 010931 - Физика и химия плазмы
• 010932 - Физика высокотемпературных процессов
• 010933 - Физическая и химическая механика сплошных сред
• 010935 - Физика супрамолекулярных систем
• 010980 - Физика живых систем
• 010981 - Молекулярные биология и биофизика
• 010982 - Физико-химическая биология и биотехнология
• 010983 - Молекулярная физиология и биофизика
• 010984 - Прикладные экология и биофизика
• 010985 - Устойчивое развитие и экологическая безопасность
• 010952 - Математическая физика и математическое моделирование
• 010956 - Математические и информационные технологии