Набор в магистратуру МФТИ проводится из числа выпускников бакалавриата МФТИ, университетов и технических вузов России и других государств, имеющих дипломы бакалавра, специалиста или магистра по направлению 511600 «Прикладные математика и физика» или родственным направлениям или специальностям.